En función de los objetivos del Programa y de organización interna se han establecido 4 líneas de investigación a partir de las cuales se estructura el trabajo académico aplicado y de divulgación que éste realiza:
1. PLANEACIÓN, GESTIÓN DEL TERRITORIO Y POLÍTICVAS PÚBLICAS
2. SUELO Y VIVIENDA
3. GEOMÁTICA: DESARROLLO Y APLICACIÓN DE SISTEMAS DE INFORMACIÓN GEOGRÁFICA
4. MOTODOLOGÍA Y ENSEÑANZA
De manera complementaria en esta sección se pueden consultar las fichas – reportes de los diversos proyectos realizados y en desarrollo.