El mariposario del CIBAC se fundó en el año 2001 por la Dra. Virginia Brawer mediante la fundación Darwin que procuro los fondos para el proyecto de estudio de las mariposas de la zona lacustre de Xochimilco. Posteriormente con la asesoría técnica del Biól. Javier Olivares diseñó la estructura del mariposario y estableció las técnicas de cría de mariposas.
Actualmente el mariposario es un centro de consultoría nacional, de investigación de los ciclos de vida de las mariposas y referente académico de las principales universidades del país.
Se imparten cursos especiales sobre la cría de mariposas y sobre el manejo de mariposarios.
Se han determinado el ciclo de vida de mas de 15 especies nativas del valle de México y se han desarrollado algunas técnicas de cría de mariposas en cautiverio. Actualmente se desarrolla la técnica de la detección de la detección del protozoario OE
(Ophryocystis elektroscirrha)que afecta a la mariposa monarca.