El programa de Maestría en Ecología Aplicada fue aprobado en noviembre de 2013 por el Colegio Académico de la Universidad Autónoma Metropolitana y se incorpora a la oferta educativa de posgrado de la División de Ciencias Biológicas y de la Salud de la Unidad Xochimilco.
En el diseño de la propuesta, profesores del Departamento El Hombre y su Ambiente (DEHA) analizaron nuevas prácticas emergentes en el ejercicio de las ciencias biológicas, con énfasis en aquellas orientadas a la prevención, mitigación o reversión de los efectos indeseables de las actividades humanas sobre el ambiente. Con esta base fueron integradas tendencias actuales de conocimiento y de estrategias metodológicas para la búsqueda de soluciones a los problemas de uso y conservación de recursos naturales bióticos, enfatizando la orientación de la ecología económica, de las ciencias sociales y de los avances tecnológicos.
En la Maestría en Ecología Aplicada se privilegia la investigación bajo las siguientes líneas de generación y aplicación del conocimiento: Ecología del Paisaje, Ecología Aplicada a Sistemas Microbianos, Ecología Aplicada a Sistemas de Producción y Ecología Aplicada a la Educación Ambiental. Su planta docente está integrada por doctores y maestros en ciencias, con diferentes adscripciones institucionales y con trayectorias académicas reconocidas por la Secretaría de Educación Pública a través del Programa para el Mejoramiento del Profesorado (PROMEP), y por el Sistema Nacional de Investigadores del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT).
La operación de la Maestría en Ecología Aplicada es responsabilidad del Coordinador, Comisión Académica y por la Comisión de Planeación de la División de Ciencias Biológicas y de la Salud, que vigilan el buen desarrollo y desempeño del Plan de Estudios que la conforma.
La Maestría en Ecología Aplicada recibe a su primera generación en el trimestre 14 Primavera con un fuerte respaldo institucional tanto en infraestructura como en becas para los alumnos. Es para el año de 2019, que este posgrado recibe la aprobación para su inclusión en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad del CONACyT (PNPC), lo que permite que los aspirantes puedan disponer de una beca por parte de esta institución gubernamental, así como la posibilidad de los estudiantes de participar en las becas de movilidad, tanto de la institución (UAM), así como por el CONACYT. Es para este año de 2022 que este posgrado recibirá a la novena generación que se inscribe para el Trimestre de Primavera.